上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

故事紧接《人类清除计划3》。从贩毒集团手中脱逃的阿德拉与丈夫胡安自墨西哥来到美国得克萨斯州生活，后者在塔克家族的牧场工作。胡安深受塔克一家的族长，凯莱布的赏识，但这也让凯莱布之子迪伦心生妒忌。但在一年一度的“人类清除计划”过后的早上，一支地下组织意图将杀戮继续进行下去，让全美陷入狂乱之中。包括迪伦妻子和妹妹在内的塔克一家也遭受波及，迫使众人联合起来对付暴徒，并设法逃入开放边境仅有六小时的墨西哥。

不遠的未來，美國新聯邦的女總統（薇薇卡福克斯 飾）和國防部長（丹尼爾鮑德溫 飾）雇用了一群軍事傭兵，試圖從位於地球軌道上的機密研究設施中，奪取一項神秘的外星生化武器。

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。

一个小男孩的狗狗因为自家后院的异常现象而失踪了，这是一个通往我们宇宙另一个维度的入口。他必须依靠朋友和不和睦的家人找回狗狗，并关闭入口，以免它造成可能摧毁两个宇宙的裂痕。

一个名叫“F.R.E.D.I.”的智能可爱机器人被项目首席科学家从一个秘密研究机构偷走。这个机器人被15岁的少年詹姆斯发现。很快，两人开始交流并建立了联系。F.R.E.D.I.了解了青少年的生活，詹姆斯也因此获得了一些新的价值观。

法医大卫（雷·利奥塔 Ray Liotta 饰）在勘验现场发现了与他妻子被害时相同的线索。大卫决定展开调查，但一直没有取得突破性进展。直到他结识了一位神经学教授玛莎（琳达·费奥伦蒂诺 Linda Fiorentino 饰），她正在研究一种特殊配方药剂，可以将老鼠的记忆力进行移植。玛莎的研究引发了大卫的兴趣，他决定尝试将死者的记忆力注入自己体内，以了解凶案的经过，帮助找出真凶。在试验进行时，凶嫌与警方对峙时被击毙，使得大卫失去了唯一的线索。为了继续调查，他决定借用已故凶嫌的记忆，希望能够找到下一个线索。然而，在这个过程中，大卫意外地发现了一个牵扯到自身的巨大谎言。他的调查逐渐揭示了一个错综复杂的阴谋，牵涉到他自己的生活和身世。 

在未来的世界里，地球已变得荒凉如地狱般，全世界已控制在一个神秘的指挥官手中，女科学家克莱儿在一万尺的海洋下进行研究，竟被一种奇怪的黏液所伤，后来这种黏液转化成庞大的异彩，开始侵犯人类

一群甲午战争的幸存者聚集在一个山谷里，却遭到拥有心灵感应能力的食人变种人的威胁。他们争吵不休，抱怨连连，但这对他们的处境并没有什么帮助。

当一位机器人专家将丧子之痛倾注于打造"罗宾"——一个功能完备的机器人时，接连发生的恐怖事件逐渐揭示：这个机械造物正用尽手段，不允许创造者对其他人存有情感，试图独占创造者的全部。

1982年冬天，挪威科考队的一架直升机突然打破了南极大陆的平静，直升机疯狂的追逐一只雪橇犬，最后坠毁在美国科考营地的附近。美国科考队员对挪威考察队近期人员骤减的情况有所耳闻，于是飞行员麦克（Kurt Russell 饰）与众人赶赴挪威营地，结果看到的是一地破败中四处散落着奇怪的尸体，并有证据表明挪威人得到了某种冰封状态中的生物。医生布莱尔（Wilford Brimley 饰）研究了尸体的变异却无法破解成因。当晚，犬笼中的狗遭到袭击并发生了变异，一种不可知的生物正在这孤寂的南极大陆威胁着科考队员们的生命……
本片翻拍自1951年由霍华德•霍克斯指导的《The Thing From Another World》。

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