《特别使命》是一部描写高智商犯罪的电视剧，该剧有别于其他涉案剧。近年来电视银屏所播出的涉案剧都是以刑事案件为主，例如《重案六组》、《案发现场》等等；然而《特别使命》是围绕“税”这个社会焦点话题来描写的，这无疑是众多涉案影视作品中的一个新的亮点。
故事发生在20世纪30年代，日本帝国主义悍然发动侵华战争，贪婪的铁蹄无情践踏这个古老的国度和苦难的人民。乱世之中，两个背景全然不同的小人物命运不仅发生改变，还由此衍生出一段奇妙的姻缘。
影卫锦华为帮所爱之人二皇子南宫奕夺得皇位受尽苦难，却最终落得被爱人背叛惨死的结局。死前回想起自己的真实身份是太傅嫡女沈长歌，并重生在命运的转折点。这一世，沈长歌凭借聪慧避开暗箭中伤，同时让所有伤害她的人都尝到失去一切的痛苦，却不曾想昌平王世子慕珩屡屡出现在她的生活中，那温柔而炽烈的心意让沈长歌心起波澜……
故事发生在民国初年，江南望族姚家的少奶奶曾淡云（林韦君 饰）被二奶奶赵翠屏诬陷，被指控她与管家刘子浩（江宏恩 饰）有私通关系。曾淡云怀孕的身体遭到了姚家家法桃花烙的处罚。刘子浩好心相救，并将曾淡云带回了他的老家，介绍给自己的妻子宝春认识。曾淡云在刘子浩的陪伴下顺利分娩，生下了一个女婴，而同一天，宝春却遭遇难产，产下一个儿子后就离世了。多年后，赵翠屏得知曾淡云的下落，并错误地认为刘子浩的儿子是姚家的后代，于是强行夺走了孩子，将其改名为姚靖石（霍政谚 饰）。曾淡云的女儿念慈也被沈家收养，改名为沈雁容。
本是瓦匠世家的她，考古中意外魂穿成了患有洁癖的工匠之女身上，凭借惊为天人的工匠绝技混得风生水起，却莫名卷入了一场乱战，而她回到现代的唯一途径，便是参与这场夺嫡之争。
少女苏婳与将军萧允（何善凯 饰）私奔相恋，却遭姐姐陷害，被二少萧烨（陈寰 饰）奸污活埋。苏婳“重生”化身花魁青烟（何适 饰），与萧允交易成婚进入萧府复仇。一路披荆斩棘营救同被迫害的姐妹，终让萧家受到惩罚，最终恢复身份与萧允相认团聚。
一场意外，顾千屿即将和艺校失之交臂，而他的同胞妹妹顾千浔，为了不让哥哥的梦想破灭，冒名顶替哥哥去上学，以特招生的名义进入了艺校。张驰，家庭富裕，由于父亲投资失败，离家出走，生活发生了巨大的变化，17岁，发行单曲，小有名气，一心向学，同样以特招生的名义进入艺校。一个是更换性别，冒名顶替，五音不全，想着能混过去，扛过三个月就换哥哥来继续求学的“摸鱼人士” ，一个是努力向上，一心想要不知身在何处的父亲能够为之骄傲的新新男神。在这三个月期间发生了许多事情，张驰爱上了顾千浔，以为自己是同性恋，后来顾千浔奶奶生病，回家探望奶奶，张驰以探望奶奶的名义来到了顾千浔家，发现顾千浔是女儿身，二人经历种种隔阂与煎熬后，终于相拥在了金黄的麦田。在年终的汇报演出上，顾千浔再次陷入了危机，而这时，哥哥已经伤愈复出，她终于向大家宣布了自己的女儿身。在校的所有人都彻底惊讶了，同行数百天，竟不知千浔是女郎。顾千浔重新回到了自己熟悉的小镇，做回了自己的小护士。可她内心对学校以及对张驰的爱意始终无法抹去。九零港剧
在改革开放的十多年间，出身于部队高干家庭的陆永福、陆永红、刘子明和一墙之隔的棚户区子女陈素芬、张美丽、类宝清怀揣着各自的理想和激情，被命运的洪流挟裹到一起。他们中有人在商品经济的大潮中凭借热情和机智虽然总能抓住机会获得暂时性的丰收，但是因为没有正确的目标和缺乏长远的规划，转眼又一无所有，最后几经沉浮，在亲情、爱情的感召下蜕变成长。有的人虽然历经痛苦，但坚持自立自强地创造自己的人生，不仅渡过难关逐渐获得了个人事业的丰收，而且唤醒了浮躁缺乏责任感的爱人，最终带领亲人、朋友在剧烈变革、高速发展的年代一起谱写出和谐的精彩乐章。但也有人因为内心偏执，不明白爱的真谛不是得到而是付出，最终犯下大错，在人生路上渐行渐远。
年轻的美女漫画家钟灵为治疗儿子可乐的先天性糖尿病，带着可乐回到六年前因为跟前任韩东来分手而离开的城市。谁知可乐意外走丢时偶遇了很像妈妈画册里经常出现的男人韩东来，误认为爸爸，被韩东来带回办公室，然后创造了两人的再次相遇，并展开一场爱恨交加的虐恋。再次相遇的两人因可乐的身世和病情再次纠缠在一起。一方面由于钟灵离开这六年的好友楚陌成为当红巨星，而帮自己的漫画推荐的影视剧改编机会让前任韩东来心声嫉妒，暗中调查。另一方面钟灵的回归让一直深爱韩东来的林夏夕再次癫狂，屡次暗中报复。钟可乐的亲生父亲到到底是谁？前任的爱情是否还会有缘再续？
战国时期，一场变故让赵国公主半夏沦为 孤儿。她流落民间，结识神医苍术的两个 徒弟狗宝和独活，以及巫医葛根的女儿丁 香。四个人青梅竹马，一起长大。半夏的 恋人独活医术高超，但贪恋荣华，背信弃 义。半夏逐渐发现狗宝才是她一生所爱。 狗宝出身卑贱，擅出奇招看病，一生理想 只在悬壶济世。可命运一次又一次把他拖 入危机中。狗宝坚守正义，固守医道，在 丁香、葛根、半夏以及几个徒弟的帮助下 ，潜心研修医术，用神奇的医术多次挫败 独活的阴谋。独活多行不义必自毙。狗宝 最终也实现人生理想，远离恩怨是非，带 着恋人丁香游历民间，终生为百姓治病， 救治百姓不计其数，被后世百姓尊为神医 。
“豆腐西施”唐豆豆大龄未嫁，她坚信只有识她懂她爱她的一品郎君才值得付出真爱！一场突如其来的官司险些让唐家家破人亡，幸得孔家庄庄主出手相救。庄主夫人古湘萍看中豆豆，为长子柏南提亲。柏南自小有神童美誉，人品才华俱佳。未料洞房花烛夜，神童竟变成了只有八岁智商的傻子！豆豆气炸了！新婚之夜母狮发威，跑回唐家。面对唐父当场病发、母亲又将彩礼钱输光，豆豆无奈之下与湘萍订下一年之约。柏南对豆豆屡屡痴心纠缠，笑闹之间情愫暗生。豆豆发现柏南的脑病另有隐情，决定查出真相。婆婆湘萍却一反常态，暗中操纵，豆豆由此陷入一个又一个生死危机！精怪古怪的豆豆与柏刚、万全突破重重艰险，治好了柏南。却没想到一场大火，让柏南完全忘记了与豆豆经历过的一切！豆豆化解重重危机，唤回柏南的记忆，重新找回自己的一品郎君。
厨艺超群的沈依依（王玉雯饰）替嫁来到长安，误打误撞化身翩翩公子，巧遇皇命在身隐藏身份的杨子安（吴希泽饰），机缘巧合之下赴“尚艺馆”求学，并与冷傲剑客独孤牧雪（刘奕畅饰）、花美少年唐九华（谢彬彬饰）、暖萌皇子李心远（漆培鑫饰）组成“尚艺馆五子”名扬长安。身负秘密的五个人将如何坦诚相待，女扮男装的沈依依和杨子安情归何处。
凌梓铭和程一是从小一起长大的好朋友，他们来自两个不算完整的家庭，凌梓铭从小和二姨一起生活，程一由奶奶抚养长大，也正因如此，两个男孩在情感上相互搀扶，一同长大。进入青春期的两个人，逐渐在心理上产生了变化，尚且年少的男孩们，根本不懂什么是“爱”，他们一次次的试探彼此，却一步步的渐行渐远……
