继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
1890年，一场世纪大赛“SBR”于美国举开。全长共6000公里，是人类史上第一场骑乘马匹横越北美大陆的比赛！为了拿下高达5千万美元（60亿日元）的冠军奖金，一群强悍的冒险家们正式展开了他们的争战！
一半是人，一半是猩猩的新英雄！猩猩人和恐怖分子展开激烈冲突！ ！恐怖组织「动物解放同盟（ALA）」攻击生物科学研究所时，救了怀孕的黑猩猩，这只黑猩猩产下了半人半猩猩的「猩猩人」查理。 15年后，查理在人类双亲的扶养下，进入高中就读，认识了人类女孩露西。另一方面，ALA的所作所为越来越激烈，甚至计画要查理加入他们！
训犬师，那是连接狗狗和人类纽带的工作。优柔寡断的青年佐村未祐在和被前女友强塞的狗狗散步时遇见了专业训犬师·羽丹真一郎，偶然的相遇使未祐的人生发生了翻天覆地的变化！
在第2季中，将会有新的敌人出现在主角大门界人的面前，故事将继续围绕“Orphism Order”和“Phi Brain”之谜展开，并且随着这些谜题的越发悬疑，界人的战斗热情也越发高涨。将会有怎样的命运等待着界人，界人与同伴间的羁绊又会如何呢？相信这一切都将会在第2季中得到解答。
出云风子在8岁时，因自己的能力“不幸”造成了一场200人死亡的飞机事故，而她的双亲也在事故中丧生，她自此10年闭门不出。2020年8月，在一直追看的长篇少女漫画连载完结后，她决定自杀。此时她遇见拥有“不死”能力的安迪。安迪凭借其强大的再生能力，即使在风子“不幸”能力的影响下仍能生还。阻止风子自杀后，两人出发寻找让安迪死去的方法。
C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。当战斗进行到最激烈的时候，少年真飞鸟失去了父母和妹妹。唯一的遗物就只有妹妹掉落的手机。获救之后，背负着家仇的真黯然离开了故土奥布前往PLANT。两年后，他成为了ZAFT的战士......
故事发生在不远的未来，海平面因为不明原因急速上升，大多数地表都沉入了海中。小时候因为事故而失去一条腿的少年斑鸠夏生，厌倦了都市的生活，移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的，就只有船、潜水艇和一堆债务。
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塔原直哉（佐藤利奈 配音）是一名单身父亲，独自抚养着女儿明日叶（田村由加莉 配音）。某日，直哉在求职的途中遇见了一名神秘女子，这位女子竟然施展魔法将直哉传送到了由梦魔族统治的尤各瓦尔兰王国中。露蒂（钉宫理惠 配音）是王国的公主，依靠吸收男性的精气维生，然而，童年的意外遭遇让露蒂对男性充满了厌恶，而直哉则成为了她的后宫，随时待命准备侍奉露蒂。起初，露蒂只是将直哉视作派遣无聊的玩具，然而，随着时间的推移，直哉的善良渐渐吸引了露蒂，露蒂的心中竟然生出了对于直哉的好感。让直哉没有想到的是，女儿明日叶亦被传送到了王国之中，露蒂就此交上了人生的第一个朋友。
三谷裳千绪（太空直美 配音）是就读于鲛岛学园的平凡高中一年级女生，无论是样貌、性格或是成绩，都只能用平平无奇来形容，然而千绪本人非常享受这种低调闲散的状态。在家里，千绪是个标准的游戏宅，总是沉迷于各种各样的欧美角色扮演游戏之中。千绪的家离学校并不远，所以每天千绪都依靠走路上学，奇怪的是，每一天，在千绪的上学路上，似乎有什么在冥冥之中阻挠着她抵达学校，状况百出，麻烦不断，而千绪兵来将挡水来土掩，最终总是能够化解危机。和千绪一起上学的，还有和千绪互相嫌弃的青梅竹马野野村真奈菜（小见川千明 配音）和田径部王牌细川雪（本渡枫 配音）等人。
猫眼三姐妹是专门窃取美术作品的盗贼集团，她们作案时总会留下带有猫眼三姐妹字样的卡片。被猫眼三姐妹所盗的美术作品都属于她们失散多年的父亲海因茨（一位著名的艺术收藏家）所拥有。犬鸣警察署刑警内海俊夫负责调查猫眼三姐妹的案子，但是逮捕行动却一次又一次因猫眼三姐妹逍遥法外而失败。来生瞳是内海俊夫的女友，经营一家同样名为“猫眼”的咖啡厅。内海俊夫却不知道，来生瞳即是猫眼三姐妹之一……
2016年，举办了第11届网络方程式GPS大赛。上一届的冠军隼人，由于对手不断推出新车以及冠军的压力，他的状态一直很艰难，但在周围人的支持和他天生的斗志下，他成功地做到了这一点。回到正轨。
